（一）真核生物细胞核中至少存在两类RNA聚合酶：一类负责转录核糖体RNA，另一类则负责转录细胞核内的其他基因。核糖体基因与细胞核内其他基因存在三个方面的差异：
1. 核糖体基因与其他核基因的碱基组成不同；
2. 显著重复，其重复程度因生物种类不同而不同；
3. 核糖体基因与其他基因在细胞核内的定位不同，所致至少存在两类功能性RNA聚合酶，一类在核仁中负责rRNA转录，另一类在核质中，负责其他RNA的转录。
（二）三类细胞核聚合酶的分离：
真核生物中存在三类RNA聚合酶，除了在离子交换层析中表现出不同的行为外，他们还有对不同离子强度及二价金属离子具有不同反应的特性，在基因转录事件中发挥特定的功能，即每一种RNA聚合酶负责合成特定的一类RNA。
RNA聚合酶I存在核仁中负责rRNA的转录，而其他两种聚合酶，即RNA聚合酶II和RNA聚合酶III则存在与核质中，负责其他RNA的转录。
（三）三类RNA聚合酶的作用
三类RNA聚合酶具有如下特性：
1. RNA聚合酶I催化合成大的rRNA前体，在哺乳动物中这个前体的沉降系数为45S，可被加工为成熟的5.8S、18S和28S rRNA；
2. RNA聚合酶II催化合成不均一核RNA（hnRNA）及大多数的核内小RNA，而绝大多数的hnRNA是mRNA的前体，而snRNA则参与了由hnRNA到mRNA的成熟过程。
3. RNA聚合酶III则催化合成tRNA、5SrRNA的前体及其他小分子RNA。
（四）RNA聚合酶亚基结构
目前通过体外合成推断亚基及突变实验检测聚合酶活性的方法来明确RNA聚合酶的结构，所有真核生物的RNA聚合酶结构要比细菌聚合酶结构复杂得多，三类聚合酶在结构上都有一定的相似之处，每类RNA聚合酶都包含一些两个大亚基及一些小亚基，二者之间具有进化渊源。
1. 核心亚基
研究者利用表位附加原理分离得到了RNA聚合酶10个亚基结构，发现RNA聚合酶具有3个核心亚基，分别是Rpb1、Rpb2、Rpb3，是RNA聚合酶活性绝对必需的，通过基因序列和结构相似性反映出真核和原核RNA聚合酶的核心亚基具有功能相似性。
2. 共有亚基
包括Rpb5、Rpb6、Rpb8、Rpb10、Rpb12共5个，这些亚基是三类RNA聚合酶所共有的。
3. Rpb1亚基的异质性
这是RNA聚合酶II的最大亚基，具有一定的异质性，细胞内Rpb1亚基存在两种形式的事实暗示RNA聚合酶II以两种不同的形式存在于细胞内，每种形式的RNA聚合酶IIO和RNA聚合酶IIA，含有IIb亚基的非磷酸化形式的RNA聚合酶为RNA聚合酶IIB。
